O Doutoramento em Ciências da Educação (DCE) promove a investigação autónoma e avançada nos diferentes domínios das CE, incluindo a Educação, o Ensino, a Formação de Formadores e as Ciências Básicas da Educação. As competências a desenvolver nos doutorandos passam pelo conhecimento aprofundado e reflexivo numa determinada área temática a pesquisar, pelo desenvolvimento de metodologias de recolha, análise e sistematização de dados, pela responsabilidade ética e profissional pelo conhecimento construído e posicionamentos assumidos, pela divulgação científica das principais conclusões, destacando os contributos da investigação realizada para a inovação e a transformação dos contextos e das políticas educativas.
O Curso, na sua vertente tutorial, assenta na realização, pelo doutorando, de uma investigação e na elaboração e defesa em provas públicas de uma Tese original, enquadrada numa das 12 áreas de especialização do doutoramento: Desenvolvimento Curricular, Educação em Ciências, Educação em História e Ciências Sociais, Educação em Línguas Estrangeiras, Educação Matemática, Filosofia e História da Educação, Literacias e Ensino do Português, Organização e Administração Escolar, Sociologia da Educação e Política Educativa, Psicologia da Educação, Supervisão Pedagógica, e Tecnologia Educativa.
Em termos de metodologia de trabalho espera-se do doutorando a consulta de bibliografia atual e especializada na área da sua investigação, bem como, no quadro dos projetos de investigação da instituição, a realização de um estudo original com metodologia adequada, sob a supervisão do(s) seu(s) orientador(es). Os doutorandos são incentivados a participar em seminários e a realizar estadias breves noutras instituições, assim como a apresentar comunicações e artigos.
O Curso, com componente curricular no 1º ano, visa a capacitação do doutorando para a realização de uma investigação conducente à elaboração e defesa em provas públicas de uma Tese original, enquadrada numa das 9 áreas de especialização do doutoramento: Desenvolvimento Curricular, Educação em Ciências, Educação Matemática , Literacias e Ensino do Português, Organização e Administração Escolar, Sociologia da Educação e Política Educativa, Psicologia da Educação, Supervisão Pedagógica e Tecnologia Educativa, conforme Despacho nº 230/2018, DR, 2ªsérie - nº3, de 4 de janeiro.
No 1º ano, o doutorando realiza unidades curriculares de fundamentação em CE, metodologia da investigação e temas de pesquisa na área de especialização, entendidas como suporte à construção do seu projeto de investigação, no quadro dos projetos de investigação da instituição. No 2º e 3º ano o doutorando concretiza o seu projeto de investigação, sob a supervisão do(s) seu(s) orientador(es). Os doutorandos são incentivados a participar em seminários e a realizar estadias breves noutras instituições, assim como a apresentar comunicações e artigos.

Quem completar com sucesso um dos planos de estudos do curso poderá requerer um Diploma e uma Carta Doutoral. Consoante a Especialidade frequentada, o grau atribuído e registado nos referidos documentos terá uma das seguintes designações:
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Desenvolvimento Curricular
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Educação em Ciências
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Educação em História e Ciências Sociais
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Educação em Línguas Estrangeiras
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Educação Matemática
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Filosofia e História da Educação
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Aprovado Literacias e Ensino do Português
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Organização e Administração Escolar
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Sociologia da Educação e Política Educativa
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Psicologia da Educação
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Supervisão Pedagógica
- Doutor em Ciências da Educação, Especialidade de Tecnologia Educativa

O Doutoramento é o grau máximo atribuído pela Academia. Este curso possibilita o acesso a estudos de pós-doutoramento e confere a capacidade técnico-científica para a realização de investigação autónoma em Ciências da Educação, em particular na área de especialização respetiva.

O grau de doutor é um requisito de ingresso ou progresso na carreira académica no Ensino Superior. Também em outras carreiras profissionais, o grau de doutor releva para efeitos de progressão de carreira e para uma diferenciação, por complexificação, das funções (estudos, concepção e direção de projetos), por exemplo em serviços da administração central e local, associações ou fundações, instituições de solidariedade social, empresas, centros de investigação ou agrupamentos escolares. O grau de doutor qualifica também os seus detentores para o desempenho de funções de investigação científica no ramo de conhecimento e área de especialização a que se refere este grau, bem como para atividades relacionadas com a promoção e divulgação de atividades de elevada exigência científica e técnica.