Sendo a Biotecnologia uma área que tem tido extraordinários avanços científicos (em Eng de Proteínas, Biologia de Células Estaminais, Biologia de Sistemas, Biologia Sintética, Genómica, Bioinformática e Nanobiotecnologia) torna-se imperativa a formação avançada de especialistas com capacidade de traduzir os avanços científicos e tecnológicos nesta área para o sector produtivo num ambiente sustentável da humanidade e melhoria da sua qualidade de vida. Neste sentido, o Mestrado em Biotecnologia destina-se à formação avançada de Licenciados de modo a desenvolver a capacidade de abordagem multidisciplinar de problemas de Biotecnologia e de Biomedicina.

A formação em Biotecnologia tem uma elevada componente prática e laboratorial cobrindo variados tópicos da Biotecnologia e é da responsabilidade do Departamento de Engenharia Biológica (DEB) que tem elevada reputação nacional e internacional ao nível da investigação em Biotecnologia bem como da ligação ao tecido empresarial Português.