A produção de biogás envolve microrganismos com características fisiológicas diversas, estabelecendo interações e redes em comunidades microbianas. É, portanto, um tópico complexo e amplo. Ocorre em sistemas naturais e antropogénicos. O conhecimento sobre a fisiologia e a diversidade desses microrganismos é essencial para controlar melhor os processos de produção de biogás.