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O Conselho Geral é o órgão colegial máximo de governo e de decisão estratégica da Universidade, vinculando a sua ação à realização da missão da Universidade e à prossecução do interesse público.
É composto por 12 representantes de professores e investigadores; quatro representantes de estudantes; um representante do pessoal não docente e não investigador e seis personalidades externas de reconhecido mérito. O seu presidente é eleito por maioria absoluta, de entre os seus membros externos.
