O governo da Universidade é exercido pelos seguintes órgãos: Conselho Geral, Reitor e Conselho de Gestão. A estes órgãos compete dirigir a Universidade na sua atividade científica, pedagógica, cultural e de interação com a sociedade, bem como assegurar o planeamento e a gestão administrativa e financeira da Instituição. A Universidade tem os seguintes órgãos de consulta: Senado Académico, Conselho Cultural, Conselho de Presidentes de Unidades Orgânicas, Conselho Disciplinar e Conselho de Ética. Compete a estes órgãos aconselhar o Conselho Geral e o Reitor no desempenho das suas funções e emitir pareceres nos termos do estabelecido no artigo 26.ᵒ dos Estatutos.
